به منظور شناخت و استفاده از استعدادهای گسترده شیلاتی در جنوب کشوردر زمینه شیلات و آبزی پروری پژوهشکده آبزی پروری آبهای جنوب کشور زیر مجموعه موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور در سال ۱۳۶۷ در اهواز با چهار بخش آبزی پروری، اکولوژی، بهداشت و بیماری های آبزیان و مدیریت ذخایر تأسیس گردید. در راستای سیاست های تحقیقاتی شیلات دامنه فعالیت های پژوهشکده به آب های ساحلی استان در خلیج فارس گسترش یافت و لذا در سال ۱۳۷۲ ایستگاه تحقیقاتی ماهیان دریایی بندر امام (ره) به این پژوهشکده پیوست.