تاریخچه

به منظور شناخت و استفاده از استعدادهای گسترده شیلاتی در جنوب کشوردر زمینه شیلات و آبزی پروری پژوهشکده آبزی پروری آبهای جنوب کشور زیر مجموعه موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور در سال ۱۳۶۷ در اهواز با چهار بخش آبزی پروری، اکولوژی، بهداشت و بیماری های آبزیان و مدیریت ذخایر تأسیس گردید. در راستای سیاست های تحقیقاتی شیلات دامنه فعالیت های پژوهشکده به آب های ساحلی استان در خلیج فارس گسترش یافت و لذا در سال ۱۳۷۲ ایستگاه تحقیقاتی ماهیان دریایی بندر امام (ره) به این پژوهشکده پیوست. 
شورای گسترش آموزش عالی در جلسه ۱۳۹۶/۱۲/۲۰، با تبدیل موافقت اصولی به قطعی پژوهشکده آبزی پروری آبهای جنوب کشور، با چهار گروه پژوهشی موافقت نمود:
 اصلاح نژاد و تکثیر و پرورش آبزیان 
بهداشت و بیماری های آبزیان
زیست بوم شناسی 
ارزیابی و بازسازی ذخایر آبزیان

پژوهشکده در زمینی به مساحت ۲۲ هکتار شامل: آزمایشگاه های مجهز دارای گواهینامه تأیید صلاحیت آزمایشگاه  (ISIRI-ISO/IEC ۱۷۰۲۵) از مرکز ملی تأیید صلاحیت ایران، کتابخانه، سالن تکثیر و استخرهای تحقیقاتی ماهیان آب شیرین واقع شده است. تاکنون بیش از ۳۰۰ طرح و پروژه تحقیقاتی، ۱۰۰ پایان نامه دانشجویی، یک پروژه بین المللی با کشور کویت را اجرا نموده اند. 
پژوهشکده در سالهای اخیر سه همایش بین المللی، ملی - منطقه ای را نیز برگزار نموده است. بر اساس اسناد مهم بالادستی جمهوری اسلامی ایران شامل سند دانش بنیان امنیت غذایی، برنامه هفتم پیشرفت و اقتصاد دریا محور برای این پژوهشکده اهداف مهمی برای دستیابی به توسعه پایدار تعریف شده است. برای نیل به اهداف زیر، پژوهشکده در سه محور اصلی تحقیق، آموزش و ترویج یافته های علمی فعالیت دارد.

اهداف بلند مدت:
•شناسایی و انتخاب گونه های بومی  اقتصادی و قابل پرورش آبزیان اعم از دریایی وآب شیرین 
•تکثیر مصنوعی گونه های با ارزش اقتصادی ماهیان دریایی و آب شیرین جنوب کشور به منظور بازسازی ذخایر و پرورش آنها در شرایط مختلف (استخرهای خاکی، محیط های محصور و قفس های شناور)
•اصلاح نژاد گونه های پرورشی به منظور افزایش تولید
•تعیین رژیم غذایی در شرایط طبیعی و مصنوعی و تعیین احتیاجات و جیره های غذایی آبزیان 
•معرفی گونه های مناسب با شرایط اقلیمی جنوب کشور برای تنوع بخشی به صنعت آبزی پروری
•شناسایی عوامل مستعد کننده بروز بیماری‌ها و بهبود روش‌های تشخیص، کنترل، پیشگیری و درمان بیماری‌های آبزیان
•تولید انواع واکسن های آبزیان دریایی و آب شیرین
•تولید انواع پروبیوتیک بومی و محرک سیستم ایمنی در آبزیان
•همکاری و مشارکت در پروژه‌های تحقیقاتی بین المللی شیلاتی با کشورهای منطقه‌ شمال غرب خلیج فارس به‌ منظور ارائه راهکارهای یکسان در زمینه حفظ ذخایر مشترک
•حفاظت و بازسازی ذخایر آبزیان و بهینه سازی روش های صید به منظور بهره برداری پایدار از ذخایر
•تعیین زمان آزادی و ممنوعیت صید گونه های مهم آبزیان
•شناسایی و معرفی منابع آبی (رودخانه‌ها، آبگیرها، تالاب‌ها و دریاچه‌های پشت سد) با ظرفیت های شیلاتی در استان خوزستان و استانهای همجوار
•سنجش و پایش مستمر سلامت اکولوژیک نواحی ساحلی، خوریات استان خوزستان و مناطق حساس زیستی