در تيرماه سال 1353 قانون تشكيل “سازمان تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي” وابسته به وزارت كشاورزي و منابع طبيعي با هدف تمركز و توسعه فعاليتهاي كشاورزي و منابع‌طبيعي و هماهنگي با پيشرفتها و تحقيقات جهاني به تصويب مجلس شوراي ملي رسيد.

    در ارديبهشت ماه سال 1354 قانون تشكيل“سازمان آموزش كشاورزي” وابسته به وزارت كشاورزي و منابع طبيعي به تصويب مجلس شوراي ملي گرديد.

    در ارديبهشت ماه سال 1357 مجموعه تشكيلات تفصيلي“سازمان تحقيقات كشاورزي و منابع‌طبيعي” وابسته به وزارت كشاورزي و عمران روستايي به تصويب هيات امناء آن رسيد.

    در خردادماه سال 1359 با تصويب شوراي انقلاب جمهوري اسلامي ايران و به منظور رفع مشكلات سازمان تحقيقات كشاورزي و منابع‌طبيعي وظايف واختيارات هيئت امناء سازمان مذكور كه در قانون تشكيل اين سازمان مصوب مورخ نهم تيرماه 1353 تعيين گرديده بود به وزير كشاورزي و منابع‌طبيعي واگذار گرديد.

    در آذر ماه سال 1362 با تصويب قانون تشكيل ”وزارت جهاد سازندگي“ و طبق ماده 4 قانون مزبور كليه وظايف عمران روستايي به وزارت جهاد سازندگي واگذار و از آن پس وزارت كشاورزي و عمران روستايي، وزارت كشاورزي ناميده شد.

    در مهر ماه سال 1369 با تصويب قانون تفكيك وزارتين جهاد سازندگي و كشاورزي كليه امور مربوط به زراعت، آب و خاك داخل مزرعه و هيات هاي هفت نفره بر عهده وزارت كشاورزي و امور مربوط به حفظ، احيا وگسترش و بهره برداري از منابع طبيعي،كليه اموردام و طيوروعمران روستايي، بهسازي، صنايع روستايي وآب رساني روستاها برعهده وزارت جهاد سازندگي قرارگرفت.

    در بهمن ماه سال 1371 بنا به پيشنهاد سازمان امور اداري و استخدامي كشور در سي و ششمين و سي و هفتمين جلسات شوراي عالي اداري تشكيل“سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي” با الحاق سازمان آموزش كشاورزي و انتزاع وظايف مربوط به ترويج كشاورزي از حوزه ستادي وزارت كشاورزي به تصويب رسيد.

    در شهريور ماه سال 1376 مجموعه اهداف، وظايف و پستهاي“سازمان تحقيقات، آموزش وترويج كشاورزي”، موسسات و مراكز تابعه آن براساس ضوابط اجرايي تبصره 33 قانون برنامه دوم توسعه اقتصادي، اجتماعي و فرهنگي جمهوري اسلامي ايران به تاييد نهايي سازمان امور اداري و استخدامي كشور رسيد.

    در ديماه سال 1379 با مصوبه مجلس شوراي اسلامي و در راستاي اصلاح و بهسازي تشكيلات دولت و به منظور فراهم آوردن موجبات توسعه پايدار كشاورزي و منابع‌طبيعي و افزايش كمي و كيفي محصولات كشاورزي و در جهت تامين مواد غذايي، رشد سرمايه‌گذاري، عمران و توسعه روستاها و مناطق عشايري و همچنين در جهت انسجام بخشيدن به برنامه‌ها و سياست‌ها و رعايت پيوستگي وظايف و استفاده بهينه از امكانات و نيروي انساني موجود وزارتخانه‌هاي كشاورزي و جهاد سازندگي ادغام و وزارت جهاد كشاورزي تشكيل گرديد.

    در سال 1380 در اجراي قانون تشكيل وزارت جهاد كشاورزي معاونت آموزش و تحقيقات از حوزه وزارت جهاد سازندگي (سابق) با كليه موسسات و مراكز تحت پوشش آن شامل: موسسه تحقيقات واكسن و سرم‌سازي رازي، موسسه تحقيقات دامپروري(موسسه تحقيقات علوم دامي كشور)، موسسه تحقيقات جنگلها و مراتع، مركزتحقيقات حفاظت خاك و آبخيزداري، مركز تحقيقات مهندسي (پژوهشكده مهندسي جهاد) و مركز آموزش عالي امام خميني (ره) در سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي ادغام گرديدند.

    در تيرماه 1381 براساس نود و سومين جلسه مورخ 15/4/81 شوراي عالي اداري اصلاح ساختار تشكيلاتي وزارت جهادكشاورزي در رابطه با وظيفه ترويج كشاورزي وزارت جهاد كشاورزي به تصويب رسيد و كليه وظايف و فعاليت‌هاي آموزشي و تحقيقاتي بخش كشاورزي وزارت جهادكشاورزي در موسسات، شركت‌هاي دولتي، مراكز و واحدهاي سازماني مستقل از سازمان تحقيقات و آموزش كشاورزي در اين سازمان تجميع گرديد و با اين اصلاحيه نام سازمان مذكور از سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي به سازمان تحقيقات و آموزش كشاورزي تغيير يافت و در اجراي اين مصوبه مركز تحقيقات و بررسي مسائل روستائي (انتزاع از حوزه ستادي وزارت)، موسسه تحقيقات شيلات ايران (الحاقي از شركت سهامي شيلات ايران)، مركز تحقيقات چاي (الحاقي از سازمان چاي كشور)، مركز تحقيقات كرم ابريشم (الحاقي از شركت پرورش كرم ابريشم ايران) به سازمان تحقيقات و آموزش كشاورزي انتقال يافتند.

    در تيرماه 1381 به استناد ماده (2) قانون تشكيل وزارت جهاد كشاورزي شرح وظايف تفصيلي وزارت جهاد كشاورزي به تصويب هيات محترم وزيران رسيد.